DORDRECHT – Met een apparaatje ter grootte van een smartphone kan het Regionaal Laboratorium voor Medische Microbiologie (RLM) grote stukken genetisch materiaal, of zelfs het hele pakket, van een ziekteverwekker in kaart brengen. Deze techniek – ‘third generation sequencing’ – gaat het lab in Dordrecht vanaf 2026 in bepaalde situaties inzetten bij de dagelijkse diagnostiek. (Foto: RLM) 

De zogeheten MinION kan lange reeksen DNA of RNA, de unieke erfelijke code van individuele organismen, snel lezen. Zo zijn micro-organismen extreem nauwkeurig te identificeren. Sequencing betekent letterlijk: volgorde bepalen, in dit geval de volgorde van basen, de bouwstenen van DNA.

Deze vorm van moleculaire diagnostiek lijkt op de (van corona bekende) PCR-test, maar is zowel uitgebreider als verfijnder, legt medisch-moleculair microbioloog Tim Schuurman uit. “Bij de PCR-test vergelijken we materiaal dat bij de patiënt is afgenomen met een stukje bekend DNA of RNA van een bacterie of virus. Daarbij moeten we vooraf bedenken welke ziekteverwekker de veroorzaker kan zijn. Als we niet goed weten waar we naar zoeken, zetten we misschien niet de juiste PCR-test in. Met sequencing daarentegen kun je direct de genetische code van de boosdoener uitlezen. Gevonden reeksen vergelijken we met databases of met andere gevonden reeksen. We kunnen dus breder zoeken en we krijgen meer gedetailleerde informatie.”

Meerwaarde

De methode komt niet zonder meer in de plaats van de dagelijkse bacteriologische en moleculaire diagnostiek in het RLM. Schuurman: “In de meeste gevallen zijn de huidige methoden geschikter. Maar er zijn situaties waarin sequencing meerwaarde heeft. Bijvoorbeeld wanneer je een bepaalde ziekteverwekker verwacht, maar met een PCR-test toch niets vindt. Of wanneer je wel de verwekker hebt geïdentificeerd, maar vervolgens blijkt die niet te reageren op een antibioticum dat normaal gesproken zou moeten aanslaan. Doordat we met sequencing variaties en mutaties in het DNA zien, geeft het ook informatie over resistentie van een individuele ziekteverwekker voor bepaalde antibiotica. Dan kunnen we de behandelaar een ander middel adviseren. Met sequencing kom je heel veel te weten.”

Zo zie je ook of ziekteverwekkers familie van elkaar zijn. “Dat kan helpen om een uitbraak vast te stellen en te beheersen”, aldus Schuurman. “Stel dat meerdere patiënten op een afdeling een infectie hebben door dezelfde bacterie, dan willen we graag weten of ze die door een gemeenschappelijke bron hebben opgelopen, of elkaar hebben besmet. Zijn de gevonden micro-organismen verwant, dan moet je gaan zoeken naar één bron of oorzaak om die op te heffen. Zo nee, dan kun je zo’n complex en tijdrovend onderzoek achterwege laten.”


De techniek
Sterk vereenvoudig gezegd leest de MinION het DNA of RNA door moleculen door een minuscuul gaatje te trekken en de veranderingen in elektrische stroom te meten die daarbij optreden. Een gekoppelde computer met sterke rekenkracht leidt daaruit de basenvolgorde af. “De methode is nu nog relatief omslachtig en kostbaar”, zegt Tim Schuurman. “Maar dit heeft wel de toekomst.” Het RLM gaat sequencing eerst inzetten in gevallen waarin dat helpt om de allerbeste zorg te leveren, of waarin veel inspanningen en hoge kosten kunnen worden vermeden.